彩色宝石虽然是大自然美的产品，但是却也不是完美的，总有些许自然的痕迹刻在它们身上，让它们多了一些瑕疵。但是彩色宝石的瑕疵需正确对待，瑕疵虽然会损坏宝石的价值，但是有时候反倒也增加了宝石的美。
根据宝石生成的地质环境、化学成分、物理性质等因素，人们将宝石分成三个类别。
第一类是净度高的宝石，比如托帕石和黄水晶，这类宝石一般对净度的要求比较高，以肉眼完全见不到任何内含物和瑕疵为好。
第二类是通常有内含物的宝石，某些品种的内含物肉眼也比较容易见到，这类宝石包括红蓝宝石、变石等品种，对净度的要求不如第一类宝石那样高。
第三类宝石因为先天生成的环境恶劣，差不多全部有内含物，但即使有明显内含物的宝石也可以用来制作珠宝，人们普遍接受这类宝石的缺陷，因为这一类别中比较完美的宝石几乎没有，这类宝石典型的代表是祖母绿。
以上所列举的瑕疵都会让宝石的价值与美感降低，但是也有例外，猫眼和星光，就是因为宝石内部含有了大量的按一定方向排列的包裹体，如果宝石完全干净，那也就没有猫眼和星光宝石了。所以，彩色宝石的瑕疵需正确对待，瑕疵有时候反倒会误打误撞，产生出更美的宝石。
