故事开始……
2012年一种类似与哥斯拉的巨型怪兽（kaiju）由太平洋海底的一个洞穴中出现，攻击了人类城市。此后数十年间，不断有怪兽从海底的未知世界冒出，攻击洛杉矶等太平洋沿岸城市。怪兽的数量和种类越来越多，攻击次数也越来越频繁，破坏程度越来越严重，人类世界始终笼罩在死亡与恐惧的阴影下。为此，人类联手打造“贼鸥计划”（Jaeger），制造出与怪兽体型相当的机甲战士迎战，但随着怪兽渐次进化，机甲战士全面溃败，各国政要试图修筑偏于防守的“生命之墙”以阻挡侵略者的脚步，无奈很快遭遇挫折。在此危急关头，暗中仍推进“贼鸥计划”的斯特克·潘特考斯特将军找回五年前曾遭受重大打击的“危险流浪者”驾驶员，并通过严格选拔为他选择了新的搭档森麻子。复活的“流浪者”即将与另外三台仅存的机甲战士迎战更强大的怪兽侵略者，同时寻找彻底扫除敌人的良机。
男主人公是一位名叫罗利·安特罗伯斯（Raleigh Antrobus）的前“机甲战士”驾驶员，年龄23岁。罗利的哥哥（也是他的副驾驶员）去世以后，罗利就一直挣扎在痛失至亲的悲恸中难以解脱。后来，罗利重新加入了“贼鸥”军队，与他一起搭档驾驶的换成了一位名叫“Mako Mori”的22岁日本女子，也是影片的女主人公。由于语言不通，两人在搭档战斗的过程中遭遇了不小的麻烦。此外，影片还有一个身份为记者的重要女性角色，她一直致力于调查报道怪兽袭击事件的真相，努力探索海底未知世界的秘密。
警报！怪兽绝密档案……
“这部影片中，怪兽是最大的明星。”导演吉尔莫·德尔·托罗如是说。
Ⅰ 怪兽之巢
Anteverse
遥远的星系中有一个叫做“Anteverse”星球，那里乌云密布、大地贫瘠、没有河流只有岩层。大气为黄色。岩层中生活着一种外星人“先驱”。这是一种殖民生物，通过不断侵占其他星球来繁衍生息。先驱掌握着极高的制毒化学和超空间技术，可以通过建立“虫洞”的方式将其他星球与本地进行桥接，从敌人内部渗透攻击。它们制造了一种体型庞大、浑身剧毒的生物兵器，作为入侵其他星球的部队，就是怪兽（kaiju）。
虫洞Breach or Portal
实际上这玩意应该叫做穿越口，叫虫洞显得高级一些。这是一条位于关岛附近海底挑战者深渊中的一条地底裂缝，在2013年8月11日出现，链接了地球和怪兽的老家，它们是从这里面钻出来的。
Ⅱ生物学特性
剧毒生物
怪兽是一种毒性的两栖类生物。它们的身体中含有大量的氨基化学物质，是一种对人类有着致命的伤害的毒素。通过对测试水源的置换结果，怪兽来到地球后，会在水中排出大量的毒素和辐射。除了身体毒素和辐射之外，怪兽的血液也是致命武器。
遗传基因
怪兽是硅基生命，通过细胞透析得出，怪兽生物体内包括硅化物和氨基化合物。也就是说，维持人类生命的基本单位是氨基酸类，维持怪兽生命的基本单位是由硅原子，与来自体液的氨基，和一种未知氨基酸共同组成。
虫巢意识
怪兽是一种克隆生物，所有怪兽的DNA来自于先驱。巨兽拥有虫巢意识，也就是集体意识。暂时无法确定它们入侵的行动指令是先驱下达的还是它们自己制定的，但当它们行动时会彼此交流，制定战术，给人类机甲造成很大的困难。每一只怪兽都有两个大脑，一个控制着其行动，另一个负责对事物的感知功能。
Ⅲ 入侵历史
史前
时间：三叠纪
先驱第一次跟地球建立虫洞是在距今2.5亿年至2.03亿年的三叠纪时期，但那时的地球大气中含氧量极高，怪兽部队无法适应环境，最终殖民任务以失败而告终。
旧金山事件
时间：2013年8月11日
2013年，“虫洞”在太平洋深处的开启，并在旧金山引发了一场7.1级的地震。8月11日第一只被称为“入侵者”的怪兽登陆旧金山，几乎毁掉了整座城市，人类最后动用了核弹消灭了这种怪物，但其剧毒血液在空气中蒸发，旧金山方圆百里变成了不毛之地。这场灾难史称“旧金山事件”，怪兽登陆当天被称为“K-DAY”。随后，第一波怪兽在马尼拉、东京、悉尼、香港等地陆续出现。
机甲时代
时间：2015年-2024年
人类成立“环太平洋联合军防部队”（PPDC），在香港、东京、悉尼、海参崴、阿拉斯加等八处建立制造机甲的基地。随着第二波巨兽入侵，人类进入了机甲与巨兽PK的时代。但越来越多的怪兽从虫洞中涌入地球，攻击越来越频繁。据记载，到2024年底，共有46宗怪兽袭击事件，仅在2024年就有14宗，并且造成了巨大的危害，也给猎人计划带来了难以弥补的资金漏洞。人类被迫关闭除香港之外的所有机甲基地，开始建造坚固的“反怪兽墙”进行单纯的死守。
香港行动
时间：2015年
香港基地是唯一仅存的机甲基地，为了应对新一轮的巨兽袭击，人类集合了所有现役的四架机甲，保卫香港，与巨兽决一死战。
人类的最终兵器……
电影中，为了抵御海洋怪兽们越来越频繁、破坏性越来越大的攻击，人类启动了一项名为“贼鸥”（Jaeger）的军事计划，组建了一支配备有最顶尖科技装备的军队对来犯的怪兽进行有效还击。组成“贼鸥”军队的个体是武装到牙齿的巨型“机甲战士”。
日本
机甲名称：探戈狼（Coyote Tango）
